Дебютировал на профессиональном ринге в 2012 году.
В том же году, в своём шестом поединке, потерпел первое поражение. Это было самое начало карьеры Наваррете, а тот бой был четырёхраундовым.
В декабре 2018 года в андеркарте вечера бокса Ломаченко-Педраса провёл свой первый титульный поединок. В рамках второго легчайшего веса [до 55,2 кг] победил судейским решением Айзека Догбо, впервые в карьере став чемпионом мира.
Далее последовал реванш, в котором Наваррете победил Догбо досрочно.
После этого мексиканец провёл ещё четыре успешные защиты титула (все победы – досрочные).
В 2020 году взял пояс во второй категории – полулёгком весе [до 57,2 кг] – победив Рубена Вилью.
Провёл три защиты титула против Кристофера Диаса, Джоета Гонсалеса и Эдуардо Баеса.
В феврале 2023 года нокаутировал Лиама Уилсона, сам при этом побывав в нокдауне. Этой победой взял пояс в новом дивизионе – втором полулёгком весе [до 59 кг].
Победа над Уилсоном сделала Эмануэля Наваррете десятым в истории боксёром из Мексики, ставшим чемпионом мира в трёх весовых категориях.
В августе 2023 года провёл защиту пояса против соотечественника Оскара Вальдеса, победив единогласным решением судей.
В ноябре 2023-го встретился с Олимпийским чемпионом Робсоном Консейсао. Наваррете дважды посылал соперника в нокдауны, однако бой завершился вничью.
19 мая 2024 года предпринял попытку завоевать чемпионский титул в четвёртой для себя категории – лёгком весе [до 61,2 кг], однако в поединке за вакантный пояс WBO раздельным решением уступил украинцу Денису Беринчику.