Старт карьеры Наваррете, первый титул
Эмануэль с детства начал заниматься боксом, его любительский рекорд насчитывает 108-7.
Дебютировал на профессиональном ринге в 2012 году в возрасте 16 лет.
В том же году, в своём шестом поединке, потерпел первое поражение. Это было самое начало карьеры Наваррете, а тот бой был четырёхраундовым.
В декабре 2018 года в андеркарте вечера бокса Ломаченко-Педраса провёл свой первый титульный поединок. В рамках второго легчайшего веса [до 55,2 кг] победил судейским решением Айзека Догбо, впервые в карьере став чемпионом мира.
Далее последовал реванш, в котором Наваррете победил Догбо досрочно.
После этого мексиканец провёл ещё четыре успешные защиты титула (все победы – досрочные).
Наваррете – чемпион трёх весовых категорий
В 2020 году Эмануэль взял пояс во второй для себя категории – полулёгком весе [до 57,2 кг] – победив Рубена Вилью.
Провёл три защиты титула против Кристофера Диаса, Джоета Гонсалеса и Эдуардо Баеса.
В феврале 2023 года нокаутировал Лиама Уилсона, сам при этом побывав в нокдауне. Этой победой взял пояс в новом дивизионе – втором полулёгком весе [до 59 кг].
Победа над Уилсоном сделала Эмануэля Наваррете десятым в истории боксёром из Мексики, ставшим чемпионом мира в трёх весовых категориях.
В августе 2023 года провёл защиту пояса против соотечественника Оскара Вальдеса, победив единогласным решением судей.
В ноябре 2023-го встретился с Олимпийским чемпионом Робсоном Консейсао. Наваррете дважды посылал соперника в нокдауны, однако бой завершился вничью.
Неудачный вояж Наваррете в лёгкий вес, и спуск обратно
19 мая 2024 года Эмануэль предпринял попытку завоевать чемпионский титул в четвёртой для себя категории – лёгком весе [до 61,2 кг], однако в поединке за вакантный пояс WBO раздельным решением уступил украинцу Денису Беринчику.
В декабре 2024-го в реванше нокаутировал соотечественника Оскара Вальдеса. Этот бой Наваррете вновь провёл во втором полулёгком весе [до 59 кг], защитив свой титул WBO, которым он владел ещё до перехода в лёгкий дивизион.
10 мая 2025 года провёл поединок против Чарли Суареса. Наваррете получил большую сечку, и изначально Эмануэлю присудили победу техническим решением из-за столкновения боксёров головами. Но позже бой был признан несостоявшимся, поскольку выяснилось, что сечка у Наваррете образовалась из-за легального удара Суареса.
28 февраля 2026 года Наваррете провёл объединительный бой с чемпионом мира по версии IBF соотечественником Эдуардо Нуньесом. Наваррете досрочно остановил Нуньеса, и стал обладателем титулов WBO и IBF во втором полулёгком весе [до 59 кг].
